پارک ملی خجیر از کوهستان‌های بلند و تپه ماهورهای مرتفع و نیمه‌مرتفع تشکیل می‌شود و ارتفاع آن از 1200 تا 2138 متر متغیر است.

قله‌های مهم پارک ملی خجیر شامل قله زلزله، بارجمالی، زیرک چال، سروکوه، آسمان کوه، گویداغ، جنگل سوخته و دربندک می‌شود.

آب مورد نیاز منطقه از طریق رودخانه جاجرود و چشمه ها تامین می شود.

از چشمه‌های مهم این منطقه می‌توان به چشمه باغ انگوری، باغ اناری، دره چنار، سنگ بندی، باغشاه، نایب علی و سیدرضا اشاره کرد.

کم‌باران‌ترین ناحیه پارک ملی خجیر دره مرکزی آن است.

از حیواناتی که در این منطقه زندگی می کنند می توان به خارپشت‌ اروپایی‌، حشره‌ خور دورنگ‌، حشره‌ خور دندان‌سفید,خفاش,تشی‌،موش, همستر, جرد, ول‌,خرگوش,گرگ، شغال، روباه‌، سمور، رودک، شنگ،کفتار، گربه‌ وحشی، پلنگ,گراز، پازن، قوچ‌ وحشی، آهو,سوسمار,لاک پشت,مار و بزمجه اشاره کرد.

پرندگانی نظیر کبک‌معمولی‌ و تیهو،‌ اردک‌ سرسبز، خوتکا و نوک‌ پهن‌،‌ زردپره،‌ پری‌ شاهرخ‌، هدهد و سبز قبا, عقاب‌ شاهی,طوطی‌ طوق‌ صورتی‌ ، بلبل‌ خرما و مینا در این منطقه دیده می شوند.

بهترین جنگل پسته وحشی البرز در این منطقه می روید. درختان بادام کوهی، داغداغان و ارس از دیگر درختان مهم این پارک ملی هستند.

از گونه‌های دارویی، صنعتی و خوراکی منطقه می‌توان به شیرخشت، سوفورا، روناس، چنار، زرشک، سپیدار، سیاه‌تلو، ارمک، افرا، کاج، زالزالک، زبان گنجشک، عرعر، اقاقیا، تنگرس، ریش بز، چوبک، گل گندم، انواع گز و انواع بید اشاره کرد.

تهران، انتهای اتوبان شهید بابایی